Neben dem Amt für Neckarausbau Heidelberg und dem Ministerium für Umwelt, Naturschutz und Verkehr Baden-Württemberg engagieren sich zahlreiche weitere Partner im Projekt "Von Fischen und Frachtern":
EnBW Energie Baden-Württemberg AG
Nachbarschaftsverband Heidelberg-Mannheim
Die Neckarhäfen Heilbronn, Plochingen und Stuttgart
Reederei Götz, Ludwig & Jakob KG
Die Regierungspräsidien des Landes Baden-Württemberg
Staatliche Schulämter entlang des Neckars
Verband für Fischerei und Gewässerschutz Baden-Württemberg e.V.
Wasser- und Schifffahrtsamt Heidelberg
Wasser- und Schifffahrtsamt Stuttgart