Neben dem Amt für Neckarausbau Heidelberg und dem Ministerium für Umwelt, Naturschutz und Verkehr Baden-Württemberg engagieren sich zahlreiche weitere Partner im Projekt "Von Fischen und Frachtern":
EnBW Energie Baden-Württemberg AG
Landesamt für Denkmalpflege Baden-Württemberg
NABU Baden-Württemberg
Nachbarschaftsverband Heidelberg-Mannheim
die Neckarhäfen Heilbronn, Plochingen und Stuttgart
Reederei Götz, Ludwig & Jakob KG
Reederei Krieger
Reederei Schwaben
Regionalverband Heilbronn-Franken
die Regierungspräsidien des Landes Baden-Württemberg
Schwäbischer Albverein e.V.
die staatlichen Schulämter entlang des Neckars
Stadtwerke Rottenburg am Neckar GmbH
Stadtwerke Tübingen GmbH
Verband für Fischerei und Gewässerschutz Baden-Württemberg e.V.
Wasser- und Schifffahrtsamt Heidelberg
Wasser- und Schifffahrtsamt Stuttgart